Az anime története a Tenmei korszak második évében (1782), a Togukawa Sógunátus idején veszi kezdetét. Habár a kor valóságos, a történetet számos fantasy elemmel egészítették ki. Egy Manji nevű volt szamuráj életét követhetjük nyomon a részek során, aki a múltban számos bűnt követett el. Habár mondhatjuk, hogy a körülmények áldozata, de az egész világ bűnözőnek tartja. Miután megtudta, hogy mestere milyen galád dolgokat művelt a tudta nélkül, megölte azt. Majd ahelyett, hogy végzett volna magával, mint az illendő lett volna, elmenekült, ráadásul az elfogására küldött szamurájokkal is végzett. Így nem csak megszégyenült és kitaszítottá vált, de miután 100 harcossal végzett, neve rettegetté is vált, ráaggatták a "százak gyilkosa" nevet. Vándorútján kezdetben húga is vele tart (akinek megbomlott az emléje, miután bátyja szeme láttára végzett férjével), de hamar eléri a halál, hisz bátyjához legkönnyebben rajta keresztül tudnak eljutni azok, akik a férfi vesztét kívánják. Mivel Manjinak sok ellensége van, így élete folytonos veszélyben van, az első áldozat viszont húga lesz. Manji ezt követően jut elhatározásra. Úgy dönt, hogy miután végzett 100 szamurájjal, hogy jóvátegye bűnét, végezni fog 1000 bűnözővel. Merész kijelentés ez, de figyelembe véve, hogy a főhősünk testében lévő különös férgek jóvoltából az lényegében halhatatlanná válik, talán nem is olyan lehetetlen a feladat. De jól jön persze a segítség, egy Asano Rin nevű lány is csatlakozik hozzá idővel, akinek múltja szintén tragikus.